2002: Un grupo de la oposición iraní, el Consejo Nacional de Resistencia de Irán, celebró una conferencia de prensa y reveló la existencia de una planta de enriquecimiento subterránea en Natanz. Construida en un búnker fuertemente fortificado, Natanz demostraba que los iraníes habían aprendido de los errores de los iraquíes, cuyo reactor Osirak, destruido por Israel en 1981, estaba situado en la superficie. Se sospecha que el Mossad les proporcionó la información.
2007: Las fuentes de alimentación, utilizadas para regular la corriente de tensión en la planta de enriquecimiento de Natanz, estallaron, destruyendo decenas de centrifugadoras.
2010: Stuxnet, un virus supuestamente creado por Israel y Estados Unidos, se infiltra en Natanz y consigue destruir más de 1.000 centrifugadoras, provocando importantes retrasos en el programa nuclear iraní. El código Stuxnet hizo que los motores de las centrifugadoras IR-1 de Irán aumentaran y disminuyeran su velocidad. Irán normalmente hacía funcionar sus motores a 1.007 ciclos por segundo para evitar daños, mientras que Stuxnet parecía aumentar la velocidad de los motores a 1.064 ciclos por segundo, provocando la explosión de los mismos.
Agosto de 2020: Una explosión destruye una instalación de ensamblaje de centrifugadoras avanzadas en Natanz, retrasando el desarrollo de centrifugadoras avanzadas -según las estimaciones- entre uno y dos años.
La explosión pretendía enviar un mensaje de determinación para detener el programa nuclear de la República Islámica, según supo The Jerusalén Post en su momento, con el propósito de enviar un mensaje disuasorio inequívoco de que no se toleraría el progreso hacia un arma nuclear más allá de ciertas líneas rojas.
Marzo de 2021: Irán comienza a enriquecer uranio en su instalación nuclear subterránea de Natanz utilizando la avanzada centrifugadora IR-4, según informó el Organismo Internacional de Energía Atómica (OIEA) de la ONU en un informe.
Este hecho no solo supuso un nuevo incumplimiento del acuerdo nuclear de 2015 entre Teherán y las principales potencias mundiales del P5+1, sino que también reflejó su recuperación del golpe sufrido el 2 de julio de 2020.
Abril de 2021: El domingo por la mañana se registró un «accidente» en la red de distribución de electricidad de Natanz, dijo el portavoz de la Organización de Energía Atómica de Irán, Behrouz Kamalvandi, a la Agencia de Noticias iraní Fars.
Según los informes, parece que el supuesto accidente fue causado por un ciberataque, posiblemente por parte de Israel. El incidente se produce menos de un mes después de que el Organismo Internacional de Energía Atómica (OIEA) informara de que Irán había reanudado el enriquecimiento en las instalaciones de Natanz y menos de un año después de que los informes extranjeros culparan a Israel de un supuesto ataque a las instalaciones, que supuestamente afectó de forma significativa al programa nuclear iraní.