Nuevas secuencias parciales del nuevo coronavirus podrían ayudar a esclarecer la propagación temprana del virus, después de que un científico descubriera 34 muestras del virus SARS-CoV-2 de los primeros momentos de la epidemia en Wuhan que fueron misteriosamente borradas de Internet, según un análisis previo publicado en bioRxiv.
Jesse Bloom, autor del análisis, es el investigador principal del Bloom Lab del instituto de investigación Fred Hutch, que estudia la evolución de las proteínas y los virus. Bloom también es investigador del Instituto Médico Howard Hughes.
Aunque en un principio se pensó que el virus había saltado de los animales a los humanos en el mercado de marisco, esa teoría se descartó en gran medida después de que se descubriera que muchos de los primeros casos no tenían relación con el mercado. Algunos estudios han encontrado casos desde septiembre de 2019.
Aunque todavía no está claro cómo el virus SARS-CoV-2 comenzó a propagarse entre los humanos, se cree que el virus desciende originalmente de los coronavirus de los murciélagos.
El problema, explicó Bloom, es que aunque cabría esperar que las primeras muestras del virus fueran más similares al coronavirus de los murciélagos que las posteriores, no es así. Las secuencias recogidas en los casos relacionados con el mercado de marisco son notablemente diferentes del coronavirus de murciélago en comparación con otras secuencias recogidas en fechas posteriores fuera de Wuhan, y las muestras del mercado contienen tres mutaciones adicionales en comparación con las muestras recogidas posteriormente.
Se dispone de muy pocas muestras de virus secuenciadas de la epidemia de Wuhan, salvo una docena de muestras recogidas a finales de diciembre en 2019 de pacientes relacionados con el mercado de marisco de Huanan.
En el análisis previo a la impresión, Bloom explicó que la falta de información puede deberse en parte a una orden emitida a los laboratorios chinos no autorizados para destruir todas las muestras de coronavirus desde el principio del brote.
Bloom se dio cuenta por primera vez de que faltaban datos en el Archivo de Lecturas de Secuencias (SRA) de los Institutos Nacionales de Salud, cuando vio que faltaban datos en un estudio sobre los primeros eventos mutacionales del virus en el SRA. Los datos solo pueden borrarse del SRA mediante una solicitud por correo electrónico.
Los datos borrados parecen haber sido recogidos por Aisu Fu y el Hospital Renmin de la Universidad de Wuhan, y Bloom rastreó los datos hasta un estudio publicado en la revista Small en junio de 2020. Aunque los datos no eran accesibles a través de los métodos de búsqueda tradicionales, Bloom logró encontrar los datos de 34 muestras positivas al virus desde el principio de la epidemia en el almacenamiento de Google Cloud de la SRA. De ellas, pudo reconstruir parcialmente las secuencias de 13 muestras.
Más tarde, Bloom descubrió que el proyecto de secuenciación también fue eliminado del Banco Nacional de Genes de China, poco después de que los datos fueran retirados de la SRA.
Las secuencias eliminadas que Bloom encontró rellenan en cierto modo el vacío existente entre las muestras recogidas en el mercado de marisco de Huanan y los posibles virus progenitores encontrados en los murciélagos. Las 13 secuencias parcialmente reconstruidas son más similares a los coronavirus de los murciélagos que a las muestras encontradas en el mercado de marisco.
Bloom destacó en el análisis previo a la publicación que esto sugiere que las secuencias del mercado “no son representativas de los virus que circulaban en Wuhan a finales de diciembre de 2019 y principios de enero de 2020”.
El científico lamentó el hecho de que las secuencias fueran eliminadas, subrayando que “claramente habría sido más informativo científicamente secuenciar completamente las muestras en lugar de eliminar subrepticiamente las secuencias parciales”.
“No hay ninguna razón científica plausible para la supresión”, escribió Bloom, explicando que el documento al que estaban vinculadas las secuencias no tenía correcciones, afirmaba que los sujetos humanos dieron su aprobación y que la secuenciación no muestra ninguna evidencia de contaminación.
“Por lo tanto, parece probable que las secuencias se hayan eliminado para ocultar su existencia. Especialmente a la luz de la directiva de que los laboratorios destruyan las primeras muestras y de las múltiples órdenes que exigen la aprobación de las publicaciones sobre COVID-19, esto sugiere un esfuerzo poco sincero por rastrear la propagación temprana de la epidemia”, escribió Bloom en el análisis previo a la publicación.
Bloom sugirió que los NIH revisaran sus registros de correo electrónico para identificar otras supresiones de la SRA en relación con el nuevo coronavirus, subrayando que las supresiones no implican mala conducta, ya que es “inviable” que el personal de la SRA valide los motivos de todas las solicitudes de supresión.
Renate Myles, portavoz de los NIH, dijo a The New York Times que las secuencias “se presentaron para su publicación en la SRA en marzo de 2020 y posteriormente el investigador que las presentó solicitó su retirada en junio de 2020”. El investigador dijo a los gestores del archivo que las secuencias se estaban actualizando y se añadirían a una base de datos diferente, pero Bloom no pudo encontrar esos datos.
“Una cuidadosa reevaluación de otras formas archivadas de comunicación, informes y datos científicos podría arrojar luz adicional sobre la aparición temprana del virus”, aconsejó Bloom, añadiendo que tal vez sea posible obtener más información sobre la propagación temprana del SARS-CoV-2, aunque las investigaciones sobre el terreno tengan dificultades.
Bloom fue uno de los firmantes de una carta publicada por la revista Science en mayo en la que se pedía una mayor investigación sobre el origen de la pandemia de coronavirus. La carta subrayaba que “saber cómo surgió el COVID-19 es fundamental para informar sobre las estrategias globales para mitigar el riesgo de futuros brotes”.
En febrero, uno de los investigadores de un equipo dirigido por la Organización Mundial de la Salud que investiga los orígenes de la pandemia dijo que China se negó a dar datos brutos sobre los primeros casos de COVID-19 al equipo dirigido por la OMS, lo que podría complicar los esfuerzos para entender cómo empezó el brote.
Un informe sobre los orígenes del COVID-19 realizado por un laboratorio nacional del gobierno estadounidense concluyó que la hipótesis que afirma que el virus se filtró desde un laboratorio chino en Wuhan es plausible y merece una mayor investigación, informó The Wall Street Journal a principios de este mes, citando a personas familiarizadas con el documento clasificado.
El estudio fue elaborado en mayo de 2020 por el Laboratorio Nacional Lawrence Livermore de California y fue remitido por el Departamento de Estado cuando realizó una investigación sobre los orígenes de la pandemia durante los últimos meses de la administración Trump, según el informe.
Las agencias de inteligencia de EE.UU. están considerando dos escenarios probables -que el virus fuera resultado de un accidente de laboratorio o que surgiera del contacto humano con un animal infectado- pero no han llegado a una conclusión, dijo.
